Varpaisjärven seurakunta on koko taajaaman sydän ja yhdistävä tekijä asukkaiden välillä. Seurakunnan tärkein sydän on Pyhän Mikaelin vuonna 1904 valmistunut kivikirkko, joka kauneutensa takia on yksi Varpaisjärven tärkeimpiä nähtävyyksiä.
Varpaisjärven seurakunnan perustaminen ja siihen liittyvä historia on hyvin mielenkiintoinen. Ajatus oman seurakunnan perustamiseksi syntyi Nilsiässä seurakunnassa syntyneessä ehdotuksessa vuonna 1889. Tuohon aikaan ehdotukset vaativat Suomen Suurruhtinaan vahvistuksen, joka myös vahvisti uuden seurakunnan perustamisen vuonna 1900. Tästä alkoi Varpaisjärven seurakunnan tarina.
Uusi seurakunta tarvitse tietenkin oman Pyhättömän ja pian Nikolai toisen antaman vahvistuksen jälkeen perustettiin järjestelykomitea, jonka tehtäväksi annettiin etsiä sopiva rakennuspaikka kirkolle. Paikka valittiin kun talollinen Heikki Ruotsalainen tarjosi omasta maatilasta kirkolle tontit. AJan hengen mukaan paikasta käytiin tätä ennen hieman vääntöä, eikä myös rakennusmateriaalista päästy aluksi yksimielisyyteen. Lopulta vuoden 1901 kirkonkokouksessa vahvistettiin kiven käyttö materiaalina ja urakan arkkitehdiksi valittiin maineikas arkkitehti Joses Stenbäck. Kiveen päädyttiin lopulta luultavimmin siitä syystä että sitä esiintyy alueella paljon, ja näin kiven käyttö materiaalina korostaisi kirkon paikallisuutta. Olihan toki graniitti tuon ajan hienoimpia rakennusmateriaaleja.
Kirkko annettiin rakennettavaksi urakkatyönä, jonka rakentamiseen arkkitehti 
Stenbäck osallistui aktiivisesti. Valtio tuki rakennusurakkaa rahallisesti ja materiaalisesti, ja lopulta kirkko valmistui kahden ja puolen vuoden määräajassa. Rakennusmateriaalina käytettiin paikallista harmaata graniittia, joka paikallinen talollinen lahjoitti. Graniitin kuljettaminen oli ankaraa touhua ja kuljetus onnistui ainoataan talvella, jolloin graniitti saatiin paikalle ree’ellä. Hevosten kestävyyttä koeteltiin urakalla, sillä tuleva kirkko sijaitsi mäen päällä.
Kirkko vihittiin käyttöön lokakuussa vuonna 1904, mutta varsinainen kirkollinen käyttö saattoi alkaa vasta joulukuussa 1906, koska kirkkorakennusta jouduttiin vielä hieman korjaamaan rakennuksessa ilmenneiden virheiden takia. Seurakunnan alkutaivalkaan ei ollut aivan helppo, sillä kirkon rakentamisesta syntyneet raskaat velat painoivat seurakunnan taloutta. Näin ollen kesti vielä aikansa ennen kuin seurakunnallinen toiminta saattoi täysimääräisesti alkaa. Urut asennettiin Kangasalan urkutehtaan toimista vasta vuonna 1936.
Kirkkoon on tehnyt useita eri remontteja. Ensimmäinen merkittävä peruskorjaus tehtiin vuonna kuusikymmen luvun alussa. Tätä ennen kirkoksta puuttui lämmitys, joten kirkkoon asennettiin sähköt. Seuraava laajempi saneeraus ja remontti aloitettiin kahdeksankymmentä luvun lopussa ja se kesti aina vuoteen 1993 asti. Tuolloin kirkko palautettiin sen alkuperäiseen asuun ja käytännössä peruskorjattiin täysin. Paikalliset asukkaat ovat aina vaalineet kirkkoa, josta sille tehdyt monet korjaukset kielivät.
Kirkosta tekee erityisen sen kauniit tiiliholvit. Muodoltaan kirkko on toisvartinen tornillinen ristikirkko. Kirkko hehkuu myös viime vuosisadan kansallisromantiikkaa mihin viittaa kirkon epäsymmetrinen pohjakaava sekä kotimainen rakennusmateriaali. Pyhän Mikaelin kirkkoon mahtuu suurempikin väenmäärä, sillä istumapaikkoja on 1100 ja pinta-alaa 390 neliömetriä. Kyseessä onkin yksi Suomen kauneimmista kivikirkoista, joka on soveltuu erinoimaisesti niin häiden, hautajaisten tai muiden tärkeiden kirkollisten tapahtumien järjestämiseen.