Varpaisjärven historia on pitkä ja monivaiheinen ja johon kannattaa tutustua. Varpaisjärven maisemaan on vaikuttanut viimeisin jääkausi. Kun Kuopion seudulta mannerjää vetäytyi suunnilleen noin 10,000 vuotta sitten, alkoivat suuret vesistöt hiljalleen erottautua veden pinnan laskiessa. Kallavesi erottautui n. 8000 vuotta sitten, jolloin syntyi Suur-Saimaa, joka laski Pohjanlahteen. Varpaisjärven maisemassa tyypillistä on metsäisten harjujen ja vaarojen sekä vesistöjen vuorottelu. Ihmisen kädenjälki on myöhemmin lisännyt maisemaan viljelykset, hakkuut sekä taajamat. Ensimmäiset asutuskeskukset ja taajaamat syntyivät vesireittien varteen viljelyskelpoisille alueille. Ensimmäiset ihmiset tulivat alueelle idästä aluksi metsästämään ja kalastamaan. Esihistoriallinen pyyntikulttuuri on jättänyt Varpaisjärvelle useita muinaisjäännöksiä, jotka nykyisin ovat suojeltu muinaismuistolailla.
Ennen 1500-lukua Varpaisjärven tienoot olivat vielä etelämpänä sijainneiden 
asutusten eräalueina ja metsästys- ja kalastusmaina. Näitä eräalueita alettiin jakaa 1500-luvulle tultaessa eri talojen kesken. Varpaisjärven pysyvä asutus alkoi muodostua kuitenkin vasta 1600-luvulla, jolloin Savo oli osa Karjalan maakuntaa ja Ruotsin ja Venäjän valtakuntien rajalla. Pähkinäsaaren rauhassa Varpaisjärven alue liitettiin virallisesti osaksi Novgorodin Suuuruhtinaskuntaa kunnes se Stolbovan rauhassa 1617 liitettiin osaksi Ruotsia. Stolbovan rauhan jälkeen uudisasutus alkoi hiljalleen levitä Nilsiän vesireitille ja Varpaisjärvelle.
Varpaisjärven ensimmäinen asutumuskeskittymä, lähellä Kirkon seutua on syntynyt 1700-luvun puolivälissä Martikkalan talon maille. Varsinainen kirkonkylän kasvu alkoi kuitenkin vasta kirkon rakentamisesta vuosina 1902-1904. Kylään perustettiin saha vuonna 1905, jolloin kirkonkylään alkoi hiljalleen muuttaa kauppiaita ja käsityöläisiä.
Toinen maailmansota vaikutti koko Suomeen suuresti ja Varpaisjärven väestö, muun maaseutuväestön, osallistui sotaponnisteluihin Neuvostoliiton hyökätessä Suomeen. Suomen menettäessä sodassa noin 10 prosenttia pinta-alastaan, alkoi toinen raskas vaihe kun kotinsa menettäneitä 
siirtokarjalaisia alettiin asuttaa ympäri Suomeen. Toisen maailmansodan jälkeen vuonna 1945, hyväksyttiin maahankintalaki vuonna 1945, joka mahdollisti siirtokarjalaisten viljelys-, asuntoviljelys- ja asutustilojen muodostamisen Varpaisjärvelle, kuten muuallekin Suomeen. Maahankitalaki mahdollisti sen että maata voitiin jakaa vuosien 1939-44 sotien invalideille, sotaleskille ja orvoille sekä rintamamiehille. Sotien jälkeinen aika olikin asutustoiminnan puolesta vilkasta aikaa, etenkin vuosina 1945-52. Varpaisjärvelle muodostettiin esim. vuonna 1947 Porkkalan asutustilat Kymi-yhtiöiden työntekijöille Keljan alueella ja vuonna 1952 ns. Pikku-Porkkalan alue Hackmannin ja Kaukas-yhtiöiden maille.
Varpaisjärven kunnan itsenäisyyden aika alkoi kun Varpaisjärven seurakunta itsenäistyi. Ensimmäisen kerran itsenäisyyttä ehdotettiin jo vuonna 1898 Kuopion läänin papiston palkkausmietinnöissä. Lopullisen päätöksen kunnan itsenäisyydestä antoi Suomen senaatti vuonna 1910. Päätös tuli voimaan vuonna 1911. Varpajaisjärvi ehti toimia itsenäisenä kuntana 100 vuotta, kunnes se 1.1.2011 liitettiin Lapinlahteen. Tätä ennen aktiivista yhteistyötä Lapinlahden kunnan kanssa oli harjoitettu jo vuosia, joten kuntaliitos oli tästä luonnollinen jatkumo. Varpajaisjärvi on kuntaliitoksesta huolimatta säilynyt vilkkaana taajamana, jossa savolaiset perinteet ja kulttuuri säilyvät elävinä.